Управление Школой осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом Школы является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью Школы. Директор назначается Территориальным управлением по согласованию с Департаментом на основании трудового договора. Права и обязанности директора Школы, его компетенция в области управления Школы определяются в соответствии с законодательством об образовании и Уставом.
Директором МКОУ Протасовская ООШ является Анна Владимировна Николаева. Директор осуществляет общее управление образовательным процессом и финансово-хозяйственной деятельностью. Предлагает стратегические планы развития школы. Ведет вопросы, связанные с подготовкой и проведением научно-методических мероприятий.
Для оперативного руководства различными аспектами деятельности школы Директор назначает заместителей, определяет их должностные обязанности:
- заместитель директора по воспитательной работе (ВР) - Коняхина Елена Евгеньевна
- заместитель директора по учебно-воспитательной работе (УВР) - Соломатов Виктор Сергеевич
Заместитель директора по УВР осуществляет деятельность по безусловному и своевременному (в соответствии с календарно-тематическим планированием) обеспечению реализации общеобразовательных программ для всех обучающихся. Осуществляет мониторинг образовательного процесса, промежуточный и итоговый контроль. Занимается проблемой исследовательской деятельности школьников, образования детей с повышенной учебной мотивацией, участия школы в олимпиадах и конкурсах. Ведет вопросы взаимодействия с родителями по вопросам академических успехов обучающихся.
Заместитель директора по воспитательной работе курирует все вопросы воспитания и дополнительного образования. Организует внеклассную деятельность.